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01利息扣除标准不同
企业所得税：根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十七条、第三十八条规定，支付给金融企业的利息可以扣除。向非金融企业支付的利息，不超过同期同类企业贷款利率的部分可以扣除，超出部分不能扣除。从关联方取得的贷款所支付的利息，应当按照税法规定的方法扣除。
土地增值税：按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》220号）第七条规定，向金融企业支付不超过同类商业银行借款利率的利息期限可以扣除，但支付给非金融企业的利息不能扣除。同时存在金融企业借款和非金融企业借款，或者企业未发生利息支出的，利息可按土地成本和建筑成本之和的5%扣除。另外，《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》号文件规定，贷款期限内的利息和利息加罚金不得扣除，但可以在计算企业所得税时扣除。
02闲置土地费的扣除标准不同
企业所得税：根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》31号）的规定，土地闲置费可以在计算企业所得税时扣除。
土地增值税：根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》规定，闲置土地费在计算土地增值税时不得扣除。
03营销设施建设费扣除标准不同
企业所得税：根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理功、法〉的通知》规定，开发间接费用包括项目营销设施建设费用等。
土地增值税：根据《土地增值税暂行条例实施细则》的规定，开发间接费用不包括项目营销设施建设费用。
04预提费用扣除标准不同
企业所得税：企业所得税汇算清缴时，可按规定扣缴三项费用。《国家税务总局关于印发房地产开发经营业务企业所得税处理办法的通知》第三十二条规定，外包项目尚未结算的，且未取得全额发票的，在证明文件充足的前提下，可以扣留发票不足金额，但尚未兴建或竣工的公共配套设施未超过合同总金额的，建设费用可以根据预算费用合理代扣；应上交政府但尚未报批的建设费、物业装修费，可按规定扣缴。
土地增值税：根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》187号）第四条第四项规定，房地产开发企业发生的费用，除另有规定外，不得扣除。
05附加扣除
企业所得税清算不加计扣除。在土地增值税清算中，根据《土地增值税暂行条例实施细则》规定，从事房地产开发的纳税人可享受加计扣除。
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